Pusat Pendidikan Tenaga Kesehatan (Pusdiknakes) Departemen Kesehatan RI membuka dan melaksanakan Pendidikan Kedinasan Bidang Kesehatan baik dalam jenjang Pendidikan Menengah (JPM) seperti Sekolah Perawat Kesehatan (SPK), Sekolah Bidan, Sekolah Menengah Analis Kesehatan (SMAK), Sekolah Pengatur Rawat Gigi (SPRG), dll., maupun Jenjang Pendidikan Tinggi (JPT) seperti Akademi Keperawatan (Akper), Akademi Kesehatan Lingkungan (AKL) dan emi Teknik Elektromedik (ATEM).
Sekitar tahun 1989 Sekolah-sekolah Departemen Kesehatan yang tergabung pada Jenjang Pendidikan Menengah (JPM) dikonversi menjadi Jenjang Pendidikan Tinggi (JPT) yang disebut Akademi, seperti Sekolah Perawat dan Sekolah Bidan dikonversi menjadi Akademik Keperawatan dan Akademi Kebidanan, Sekolah Menengah Analis Kesehatan menjadi Akademi Analis Kesehatan, Sekolah Pengatur Rawat Gigi menjadi Akademi Kesehatan Gigi.
Sekolah-sekolah Jenjang Pendidikan Menengah (JPM) yang dikonversi menjadi Jenjang Pendidikan Tinggi (JPT) kemungkinan untuk melembaga dirasakan banyak kesulitan, maka salah satu antisipasi yang terbaik pada saat itu agar efektif dan efisien adalah dengan dikembangkan kelembagaannya menjadi Politeknik Kesehatan Surabaya (Poltekkes) termasuk diantaranya adalah 13 Akademi Kesehatan yang ada di Jawa Timur melembaga menjadi Politeknik Kesehatan Surabaya sesuai dengan Surat Keputusan Menkes-Kesos Nomor 1207/MENKES-KESOS/SK/2001 tanggal 12 Nopember 2001.
Konversi tersebut adalah :
1. Akademi Keperawatan menjadi Jurusan Keperawatan.
- Akademi Keperawatan Sutomo menjadi Program Studi Keperawatan Sutomo.
- Akademi Keperawatan Sutopo menjadi Program Studi Keperawatan Sutopo.
- Akademi Keperawatan Sidarjo menjadi Program Studi Keperawatan Sidoarjo.
- Akademi Keperawatan Tuban menjadi Program Studi Keperawatan Tuban.
2. Akademi Kebidanan mejadi Jurusan Kebidanan.
* Akademi Kebidanan Sutomo menjadi Program Studi Kebidanan Sutomo.
* Akademi Kebidanan Magetan menjadi Program Studi Kebidanan Magetan.
* Akademi Kebidanan Bangkalan menjadi Program Studi Kebidanan Bangkalan.
3. Akademi Kesehatan Lingkungan menjadi Jurusan Kesehatan Lingkungan.
* Akademi Kesehatan Lingkungan Surabaya menjadi Program Studi Kesehatan Lingkungan Surabaya.
* Akademi Kesehatan Lingkungan Madiun menjadi Program Studi Kesehatan Lingkungan Madiun.
4. Akademi teknik Elektromedik menjadi Jurusan Teknik Elektromedik
5. Akademi Kesehatan Gigi menjadi Jurusan Kesehatan Gigi.
6. Akademi Analis Kesehatan menjadi Jurusan Analis Kesehatan.
Dan pada tahun 2007 Program Studi Keperawatan Anestesi Surabaya ditiadakan, sehingga Politeknik Kesehatan Surabaya terdiri dari 6 Jurusan dengan 12 Program Studi.
